pele::NGT Member List

This is the complete list of members for pele::NGT, including all inherited members.

_A	pele::NGT
_B	pele::NGT
_get_rate_final(std::set< node_ptr > &A)	pele::NGT	[inline]
_get_rate_SS(std::set< node_ptr > &A, std::set< node_ptr > &B)	pele::NGT	[inline]
_graph	pele::NGT
_remove_nodes_and_compute_committors(std::list< node_ptr > &to_remove, std::set< node_ptr > &to_keep, std::set< node_ptr > const &committor_targets)	pele::NGT	[inline]
add_edge(node_ptr u, node_ptr v)	pele::NGT	[inline]
compute_rates()	pele::NGT	[inline]
compute_rates_and_committors()	pele::NGT	[inline]
debug	pele::NGT
final_committors	pele::NGT
final_omPxx	pele::NGT
final_tau	pele::NGT
get_committors()	pele::NGT	[inline]
get_node_one_minus_P(node_ptr u)	pele::NGT	[inline]
get_node_P(node_ptr u)	pele::NGT	[inline]
get_P(edge_ptr edge)	pele::NGT	[inline]
get_PxB(node_ptr x, std::set< node_id > &B)	pele::NGT	[inline]
get_rate_AB()	pele::NGT	[inline]
get_rate_AB_SS()	pele::NGT	[inline]
get_rate_BA()	pele::NGT	[inline]
get_rate_BA_SS()	pele::NGT	[inline]
get_tau(node_ptr u)	pele::NGT	[inline]
initial_tau	pele::NGT
intermediates	pele::NGT
NGT(std::shared_ptr< Graph > graph, Acontainer const &A, Bcontainer const &B)	pele::NGT	[inline]
NGT(rate_map_t &rate_constants, Acontainer const &A, Bcontainer const &B)	pele::NGT	[inline]
phase_one()	pele::NGT	[inline]
phase_two()	pele::NGT	[inline]
rate_map_t typedef	pele::NGT
reduce_all_in_group(std::set< node_ptr > &to_remove, std::set< node_ptr > &to_keep)	pele::NGT	[inline]
remove_intermediates()	pele::NGT	[inline]
remove_node(node_ptr x)	pele::NGT	[inline]
set_debug()	pele::NGT	[inline]
set_node_occupation_probabilities(std::map< node_id, double > &Peq)	pele::NGT	[inline]
set_P(edge_ptr edge, double P)	pele::NGT	[inline]
set_tau(node_ptr u, double tau)	pele::NGT	[inline]
sort_intermediates()	pele::NGT	[inline]
update_edge(node_ptr u, node_ptr v, edge_ptr ux, edge_ptr xv, double omPxx)	pele::NGT	[inline]
update_node(edge_ptr ux, double omPxx, double tau_x)	pele::NGT	[inline]
weights	pele::NGT
~NGT()	pele::NGT	[inline]